Nació en el seno de una familia de origen centroeuropeo. Su padre, Oscar Gerzso, había nacido en Budapest, Hungría; y su madre, Dore Wendland, era berlinesa. Al fallecer el padre de Gerzso en 1916, su madre se vuelve a casar y regresa a Europa. El joven Gunther vive en Lugano, Suiza, con su abuelo materno, Hans Wendland, discípulo del historiador de arte Heinrich Wolfflin y vendedor de obras artísticas. En casa de su tío, Gerzso conoce a varios escritores, críticos de arte y pintores,  entre ellos a Paul Klee. Esa fue la única educación estética que recibió. En 1929, estudia la preparatoria en Lausanne. Interesado en la nueva arquitectura, entra en contacto con el escenógrafo italiano Nando Tamberlani, quien lo impulsa a seguir una carrera de decoración. Dos años después, a raíz de la crisis económica, Hans Wendland vende su negocio de obras de arte. Gunther Gerzso regresa a México, donde vuelve a vivir con su madre, y se inscribe en el Colegio Alemán. En 1934 conoce a Fernando Wagner, actor, productor y director de teatro, quien utilizó los diseños del novel artista en el montaje de algunas obras de Molière, Lope de Vega y Shakespeare, dirigidas por el propio Wagner, con lo que realiza sus primeras escenografías. En las décadas de los cuarenta y cincuenta, regresa a México y realiza más de ciento cincuenta escenografías para producciones cinematográficas mexicanas y extranjeras; trabaja con Luis Buñuel, John Ford, Yves Allegret, entre otros. Al margen de su oficio, pinta casi en secreto cuadros al óleo inspirados por los surrealistas europeos que residen entonces en México: Benjamín Pret, Remedios Varo, Leonora Carrington, Wolfgang Paalen y Alice Rahón. Paulatinamente abandona la figuración de sus primeras obras. La influencia de los paisajes metafísicos del francés Yves Tanguy lo empuja a pintar paisajes abiertos tratados como objetos geométricos. En 1950, Inés Amor organiza una primera exposición de sus obras en la Galería de Arte Mexicano. A partir de 1955, el estilo propio de Gerzso es más preciso, abandona rápidamente los paisajes abiertos, para componer con puros motivos geométricos. Utiliza una refinada técnica en la que mezcla el temple acabado al óleo, raspado y pulido (una técnica olvidada que emplearon en México Antonio El Corzo Ruiz y Juan O´Gorman); otorga a sus cuadros un fino acabado con múltiples transparencias En 1970, el Museo de Phoenix, Arizona, le dedica una exposición retrospectiva. El historiador del arte John Golding encuentra afinidades entre el cubismo de principios de siglo, el surrealismo y el arte prehispánico en la obra de Gunther Gerzso. Se valió de una gama sutil y variada de matices para pulverizar la monotonía, Gerzso suplantaba las certezas de la cotidianidad con la obra de Arte. De acuerdo con Octavio Paz, Gunther Gerzso es uno de los más grandes pintores latinoamericanos siendo el único, junto con Carlos Mérida y Rufino Tamayo, en oponerse a la ideología estética en que había degenerado el movimiento muralista. Gunther Gerzso recibió el Guggenheim Fellowship en 1973 y el Premio Nacional de Bellas Artes en 1978. Pintor escultor, grabador, diseñador de escenarios cinematográficos escritor y director artístico de renombre mundial.