En 1950 Rafael se traslada a la ciudad de México y participa en 1952 en el Concurso de Pintura del Instituto Nacional de las Juventudes Mexicanas con un cuadro titulado «Mujer del Jerez» obteniendo el primer premio que consistía en una beca por un año de trescientos pesos al mes, con la condición de que el artista se matriculara en alguna de las escuelas de arte. Rafael se inscribe a la Escuela Nacional de Pintura y Escultura «La Esmeralda». Ahí toma clases con Carlos Orozco Romero quien al poco tiempo lo expulsa de sus clases por no aceptar los métodos de enseñanza. Rafael Coronel continúa su camino junto con Rufino Tamayo y su hermano Pedro, quienes encabezaron la disidencia contra lo que se llamó la corriente nacionalista. En un principio Pedro fue una gran influencia para Rafael. Su regreso a la Academia no fue para continuar estudiando sino para visitar a sus amigos entre los que se encontraba Francisco Corzas. Al realizar un número considerado de cuadros, participa en una exposición en la Biblioteca Cervantes a la cual asiste Carlos Mérida con Inés Amor, directora de la Galería de Arte Mexicano, y lo recomienda. En 1956 Rafael expone su primera exposición individual en dicha Galería. Inés se preocupó por él y lo promovió al grado de no darse abasto en el trabajo. El dinero que Inés le daba le sirvió para conocer el Distrito Federal y en esos recorridos tuvo una gran cantidad de temas para pintar: cabarets, payasos, personajes de la calle, pues para Rafael esas personas poseen una profunda filosofía de la vida y es por ello que intenta representar más sus almas que sus retratos. En 1958 expone en el Salón de la Plástica Mexicana, y en 1959 en el Palacio de Bellas Artes. Es en ese período cuando Rafael empieza a trabajar los grandes formatos e incursiona brevemente en la pintura abstracta. En 1960 contrae matrimonio únicamente por lo civil con Ruth Rivera, hija de Diego Rivera y Lupe Marín. Fue Inés Amor quien lo lleva por primera vez en 1961 a Europa y promueve su obra tanto en México como en el extranjero. En 1965 participa en la VII Bienal de Sao Paulo en la que le otorgan el premio Córdoba ofrecido por Argentina. A partir de los años setenta, realiza importantes exposiciones en Museos de México y el extranjero como por ejemplo las muestras «Crónica Humana» en el Palacio de Bellas Artes de México y «El Mundo Mágico de Rafael Coronel» en el Museo Iglesia de St. Stae en Venecia, Italia. En 1990 Rafael Coronel dona sus colecciones, de las que destacan sus más de cinco mil máscaras populares mexicanas, para la creación del Museo Rafael Coronel en Zacatecas. A Rafael Coronel podemos clasificarlo según Teresa del Conde dentro de la figuración neorromántica ya que ambos privilegian la representación de la figura humana inspirada en prototipos del pasado. Sus fuentes de inspiración fueron Caravaggio, Rembrandt y Franz Hals.