Estudia pintura en San Carlos y marcha becado en 1896 a Europa donde asiste a los cursos de Antonio Labriola, Enrico Ferri, Emile Durkheim y Henri Bergson; visita los museos y conoce el arte europeo de diversas épocas. En 1900 obtiene en París una medalla de plata por el «Autorretrato» que presenta en la Exposición Internacional. Gerardo Murillo se doctora en Filosofía y Derecho en Roma; viaja a pie de la Ciudad Santa a París y de allí a Madrid: «… conocí todas las veredas y caminos extraviados», dice con gusto por su predilección a caminar. Existen diversas versiones en cuando a su seudónimo «Dr. Atl» que quiere decir agua en náhuatl. La primera es que fue el poeta argentino Leopoldo Lugones quien lo bautiza y la segunda es que él mismo se lo adopta debido al rechazo que tenía de todo lo español. En 1911, poco después de que la revolución estallara en México, regresa a Italia y publica en París, junto con Luis Quintanilla, el periódico «La Revolution du Mexique» en que atacaba el régimen de Victoriano Huerta. Tres años después regresa a México y se incorpora a las fuerzas de Don Venustiano Carranza; organiza batallones de obreros; impulsa la «Casa del Obrero Mundial» y dirige su periódico «La Vanguardia», junto con José Clemente Orozco en 1915. En 1921 vivía en el exconvento de la Merced donde conoce a Carmen Mondragón,su musa, quien al igual que él se puso un seudónimo náhuatl, Nahui Olin. Atl inventa sus colores secos a la resina, que se trabajan como el pastel pero más resistente que este. Su idea era tener colores que lo mismo sirvieran para pintar sobre papel o sobre tela, que sobre una roca del Popocatépetl. A estos colores los denominó «Atls-colors» del que decía que su principio era el de la encáustica griega.